Beveren-aan-de-IJzer is één van de oudste parochies van de gemeente Alveringem. De oudste vermelding dateert al uit 806 tijdens de regering van Karel de Grote. Een oorkonde uit dat jaar vermeldt een bijstichting van de abdij van Sithiu, de latere Sint-Bertinusabdij van Saint-Omer, genaamd Bebrona, waar Ebrogerius als overste werd aangesteld.
De evolutie van deze stichting is niet verder na te gaan en we moeten wachten 1159 vooraleer de kerk weer in de bronnen opduikt. In een akte van 13 januari van dat jaar, bevestigt Paus Alexander III de bezittingen van bischap Milo van Terwaan waaronder ook de "altare de beverna et de houtem"

De eerste kerk stond niet op de plaats van de huidige kerk maar lag een kilometer meer oostwaarts, aan de westzijde van de huidige Gatebeek. Volgens de overlevering dient het initiatief van deze overplaatsing op naam van Willem van Bethune, Heer van Roesbrugge te worden geplaatst. 
Hij was, samen met zijn echtgenote Elisabeth van Roesbrugge, ook de stichter van het Augustinessenklooster van Roesbrugge. Nochtans kan deze overplaatsing al vroeger hebben plaats gegrepen. In de westgevel is een muurfragment van ijzerzandsteen bewaard dat mogelijk tot een romaanse 12de eeuwse (?) bedekerk behoorde.

De huidige hallekerk werd opgetrokken in 1451 in een voor de regio uitzonderlijk rijke, laatgotische stijl. Direkte bewijzen voor deze bouwdatum zijn er niet. De datering berust op een nu verdwenen en in 1751 gedateerde balk die blijkens het opschrift 300 na de bouw van de kerk werd aangebracht. Dit klopt evenwel met de stijl van het gebouw. Het kerkgebouw bleef van grote rampen gespaard. Wel werd de oorspronkelijke stenen torenspits,  op 1 januari 1779, na een blikseminslag door een lage houten kap vervangen.
De sacristie werd in 1784 opgetrokken op aanvraag van pastoor Bouden en betaal door abdis Demolder van de Roesbrugge Damen uit Ieper.